Za kontrolu mikroorganizama u gorivu razvijena je u svijetu cijela kemijska industrija biocida kemijskih pripravaka kojima se pokušava spriječiti razvoj mikroorganizama u gorivima. Svi se deklariraju kao vrlo učinkoviti protiv širokog spektra različitih mikroorganizama no primjena nije jednostavna.

Naime biocidi su efikasniji u prevenciji infekcije goriva nego u rješavanju već prisutne infekcije. Također, prevelike doze (van preporuka proizvođača) neće bitno smanjiti problem a povećati će trošak. Premala doza biocida će uzrokovati razvoj otpornih sojeva mikroorganizama.

Također, kada je u pitanju mikrobiologija svaki spremnik ili točke u lancu opskrbe na kojima je utvrđena kontaminacija imaju sasvim specifičnu mikrobnu populaciju za koju ne moraju svi biocidi biti iste efikasnosti.

Korištenje biocida treba se provoditi pod nadzorom eksperta za mikrobiologiju goriva uz provođenje mikrobioloških analiza jer svaki spremnik ili cjevovod zasebna su biološka cjelina sa složenim odnosom između grupa mikroorganizama pa korištenje biocida uvelike ovisi i o načinu manipuliranja gorivom.

Proizvođačima biocida svakako treba biti u interesu da korisnik dobro poznaje stanje sa mikrobiološkim infekcijama u svom sustavu jer samo tako će biocid biti efikasan. U svakom slučaju biocid nema nikakvog naročitog utjecaja na zaražen sustav jer biocid ne dopire u i ispod biofilma koji ostaje uvijek izvor nove kontaminacije.

U Hrvatskoj što se korištenja biocida tiče niti proizvođači niti distributeri nemaju znanja o mikrobiologiji goriva pa niti o pravilnom korištenju (doziranju). Vlada uvjerenje da spremnike ne treba čistiti već je dovoljno ubaciti biocid. Ukoliko se biocidi koriste vlada generalna deviza – što više to bolje. To naravno ne daje naročite rezultate a koristi naravno, najviše proizvođačima biocida.

Važno je napomenuti da korištenje biocida nikako nije zamjena za održavanje čistoće sustava.